1. Reinigung des Zahnes: Die vorhandene Restauration (Füllung oder Krone) wird in der Regel entfernt, die Karies wird entfernt und der Zahn ggf. mit Füllungsmarerial aufgebaut und mit einem Gummituch (Kofferdam) isoliert.
2. Zugang: Um die Wurzelkanäle ausreichend reinigen zu können muss ein ausreichend großer Zugang geschaffen werden, der gute Einsicht mit optischen Vergrößerungssystemen zulässt und ausreichend Platz für die sehr feinen Behandlungsinstrumente lässt.
3. Bestimmung der Wurzellänge: Um die erkrankte Wurzel in ihrer vollen Länge (aber nicht darüber hinaus) behandeln zu können, muss deren Länge bestimmt werden. Dies geschieht durch elektrometrische Messung und Röntgenbilder. Manchmal muss eine solche Längenmessung mehrfach durchgeführt werden.
4. Aufbereitung: Die Wurzelkanäle werden mit sehr feinen Instrumenten und Spülungen desinfiziert und erweitert, um möglichst alle Bakterien unschädlich zu machen. Je nach Menge und Zusammensetzung der Bakterien ist dieser Arbeitsschritt unterschiedlich aufwendig und zeitintensiv. Besondere Maßnahmen sind erforderlich, wenn vorhandenes Wurzelfüllungsmaterial entfernt werden muss, weil es den Anforderungen nicht (mehr) genügt (Revision). Oftmals sind medikamentöse Zwischeneinlagen und mehrere Behandlungssitzungen notwendig.
5. Wurzelfüllung: Nachdem die Wurzelkanäle gründlich gereinigt wurden folgt die Füllung mit dem biokompatiblen Naturmaterial Guttapercha. Hierbei sollen alle Hohlräume dicht verschlossen werden, sodass Bakterien diese Zahnanteile nicht mehr besiedeln können.
6. Neue Restauration: Um eine erneute bakterielle Besiedlung aus dem Mund zu verhindern benötigt der Zahn eine neue Füllung oder Krone. Erst jetzt ist die Wurzelbehandlung abgeschlossen.